上海交通大學醫學院附屬新華醫院生殖醫學中心是生殖經上海市衛計委批準、從事人類輔助生殖技術的醫學專業科室。中心占地面積1450㎡，中心現已開展：夫精人工授精、生殖體外受精-胚胎移植、醫學卵胞漿內單精子注射術、中心胚胎植入前遺傳學診斷、生殖供精試管嬰兒、醫學凍融胚胎移植、中心卵子、生殖精子冷凍保存、醫學未成熟卵培養、中心輔助孵化、生殖囊胚培養、醫學超聲卵泡監測，中心誘導排卵指導同房、子宮輸卵管造影、宮腔鏡檢查及治療、富血小板血漿宮腔灌注等。中心目前能針對輸卵管阻塞、高齡、卵巢儲備低下、多囊卵巢綜合征、子宮內膜異位癥、男性性功能障礙、嚴重少弱精子癥、無精子癥、不孕合并肥胖癥、自身免疫性甲狀腺疾病、胰島素抵抗、復發性流產等各種原因引起的不孕不育癥進行有效助孕治療。診療技術處于國內領先水平。
生殖醫學中心是新華醫院“千天計劃”的重要組成部分，構建了多學科MDT團隊，與新華優勢的產科、兒科、遺傳、內科、外科、營養科等學科互補，建立了多學科相結合的協作團隊，對正常備孕夫婦進行生育力評估，助力自然妊娠；對不孕不育夫婦進行個體化促排卵治療；對反復種植失敗及復發性流產患者進行體內有毒物質分析及精準保胎治療。構建從受精卵到生后3歲的“生命千天”疾病篩查、預防、診治與遠期隨訪體系，做好“生命全周期，健康第一步”的保障。2016年隨著“新華-哈佛”醫學與創新合作項目正式啟動，本中心與美國哈佛醫學院、波士頓生殖醫學中心、美國羅莎琳富蘭克林大學生殖免疫中心、上海交通大學環境與兒童健康教育部重點實驗室、上海交通大學醫學院生命早期健康研究院進行著深入合作、交流。
2024年3月，生殖醫學中心經上海市衛生健康委員會批準，開展植入前胚胎遺傳學診斷技術試運行工作。至此，上海交通大學醫學院附屬新華醫院生殖醫學中心也成為了上海可以開展全部三代試管嬰兒的生殖中心之一。
